肺泡灌洗液中检出屎肠球菌，mNGS助力罕见肠球菌肺炎确诊
病例概况
患者男，49岁。籍贯：泸州。职业：公务员。入院时间：2022年04月18。主诉：吞咽困难6+月，食管癌3周期化疗后5天。
既往史
高血压3年，口服依那普利。个人史：吸烟20+年，20支/天，饮酒20+年，2两/天。家族史：无特殊。
现病史
2021年10月，患者无明显诱因出现吞咽梗阻伴吞咽困难，无反酸烧心，无恶心呕吐及咯血等症状。于西南医科大学附属医院完善钡餐，未行特殊治疗。
2022年1月就诊于重庆市人民医院完善检查，CT示：1、食管胸上段Ca，气管食管间沟脂肪间隙不清，纵隔2R、4R区淋巴结转移，纵隔3、5区淋巴结密切随诊，右肺上叶尖段食管肿块旁斑絮影，提示脏胸膜受侵可能。建议内镜检查；2、双肺散在实性磨玻璃结节；3、双肺细支气管炎，右肺中叶肺大疱。行上消化道镜检查，取活检示：（食管）鳞状细胞癌。
2022年1月28日诊断：内镜下食道支架植入。
2022年3月3日胸部增强CT：病灶范围、淋巴结转移范围较前增大；2、双肺散在实性/磨玻璃结节；3、双肺散在片絮状密度增高影，考虑炎性病变可能。
入ICU诊断
感染性休克；2、重症肺炎（细菌、真菌、病毒），怀疑免疫相关性肺炎；3、急性呼吸窘迫综合征（重度）；4、高血压病；5、胸腔积液；6、低蛋白血症。
辅助检查
入住ICU后，白细胞24.41（10^9/L）、中性粒细胞数目21.99（10^9/L）、单核细胞数目1.00（10^9/L）、嗜酸性粒细胞数目0.00（10^9/L）、血红蛋白130（g/L）、血小板数目105（10^9/L）、超敏CRP值123.55（mg/L）、降钙素原2.76（ng/ml）。
诊疗经过
5月4日因“呼吸困难、血压低”急诊转入ICU，BP 76/52mmHg。凌晨05:00气管插管，呼吸机辅助呼吸。
5月5日白细胞、中性粒细胞、C反应蛋白、PCT增多，双肺弥漫斑片及片结影，较前明显增多，考虑感染性病变。送检mNGS检出屎肠球菌reads数180条，考虑到屎肠球菌的特点（主要为尿路感染）且未见明显肺脓肿，双肺结节、斑片较之前有明显好转，因此不考虑肠球菌肺炎，停用万古霉素，加用阿奇霉素，继续美罗培南抗感染治疗。后患者体温下降，呼吸机支持力度下降间断脱机，肝肾功能相对稳定。
5月11日转出ICU
后病情反复，患者血象持续升高，中性粒细胞、CRP升高，由于患者有医疗器械植入经历且常规检测未见其他细菌、真菌，考虑为屎肠球菌感染，停用美罗培南，改为哌拉西林/他唑巴坦4.5ivgtt q8h，加用利奈唑胺600mg管喂，q12h，患者血象下降，好转出院。
病例总结
mNGS确实给临床诊断带来质的飞跃，但影响因素颇多，如何质控尤为重要。在mNGS蓬勃发展的今天，传统的检测方法仍然非常重要，需要与mNGS相互印证。特别在报告解读方面要与临床表现包括影像学、病原学检测等结合考虑，必要时进行多学科讨论。
以往微生物学老师通常认定屎肠球菌多数为定植菌，如今临床上屎肠球菌感染病例越来越多，免疫抑制、食道疾病病人较一般患者肺部感染发病率更高，当检出屎肠球菌，需要根据更多经验积累结合临床背景才能更加准确判别其为定植还是致病。
肠球菌肺炎非常罕见，一般为尿路感染、胃肠道感染，肠球菌重症感染PCT有些高，有些不太高，白细胞一般较高。
mNGS作为一种先进的诊断手段，有时也会给临床带来困惑，它的范围很广，对于定植与致病菌间无法有效区分，但对于特殊菌群的检出极具优势。
病原小百科
屎肠球菌(Enterococcus Faecium)属肠球菌属，是人及动物肠道中正常菌群的一部分。
临床表现
屎肠球菌感染一般可能会出现腰痛或发热、出现肉眼血尿等症状。屎肠球菌是人体肠道的正常寄居菌。可寄生于人、禽类及哺乳类动物的肠道。一般有感染发生时，最主要的细菌来自病人自身，也可能来自他人或被他人屎肠球菌污染的生活用具，医疗器械等。屎肠球菌感染的原因主要是病人自身免疫力低下，致使该菌由正常寄居菌变成了致病菌。
耐药性
肠球菌极易形成耐药性，其耐药性包括固有耐药、获得性耐药及耐受性3种。由于其细胞壁坚厚，肠球菌对许多抗生素表现为固有耐药。肠球菌的耐药性在20世纪70年代表现为对氨基糖甙类耐药, 如庆大霉素和链霉素，80 年代表现为耐β-内酰胺类及糖肽类，1986年首次发现耐万古霉素肠球菌（VRE）。90 年代以后，由于抗菌药物广泛应用，加之侵入性治疗以及过度使用氟喹诺酮类和口服头孢菌素类药物等因素，导致肠球菌耐药菌所致感染菌株及病例不断增加，已成为人类感染的主要病因。
肠球菌肺炎临床表现
从临床表现看，肠球菌肺炎表现可不典型。可以咳嗽咳痰加重为主要表现，也可以胸闷气促、心功能失常为表现。影像学检查示部分患者两肺呈多发浸润样改变，合并病变同侧少量至中量胸腔积液。如发生院内获得性肺炎，经验性抗生素覆盖革兰阴性菌效果不佳时应考虑到肠球菌感染可能。
流行病学
以往文献报道的肠球菌肺炎病例主要发生在免疫抑制、器官移植、血液系统恶性肿瘤、实体癌、肾功能衰竭、心脑血管疾病和慢性阻塞性肺疾病的老年患者。最常见的肠球菌感染是腹腔内感染、尿路感染、菌血症和心内膜炎，但肺炎较少见。
该病例使用了迪飞医学迪感康mNGS检测技术
